Lietuvos socialdemokratų frakcijai Seime priklausanti Vilija Targamadzė neslepia, kad valdančiųjų inicijuojamoje Tūkstantmečių mokyklų programoje vis dar trūksta aiškumo. Nors Tūkstantmečio mokyklų programa, politikės teigimu, neišvengiamai programuoja konfliktą, vis dėlto, pasak jos, programos sėkmė labai priklausys nuo to, ar valdantieji sugebės pamatyti visumą, diskutuoti ir atsižvelgti į pastabas. Tūkstantmečio mokyklų programa nemažai klausimų kelia ir Alytaus miesto merui Nerijui Cesiuliui bei Pakruojo vicemerui Virginijui Kacilevičiui. Jie akcentuoja, kad pagrindinė problema, jog Švietimo mokslo ir sporto ministerija nepakankamai komunikuoja su savivaldybėmis.